Pierwsze wzmianki o parafii Mąkoszyce datują się od 1297 roku. Ks. Henryk z Manchossich – Mąkoszyc – był świadkiem w sprawie sądowej.
Dokument wystawiony przez kardynała Jana od św. Marka – biskupa z Sabiny- z dnia 14 stycznia 1376 r. w Awinionie, wymienia parafie Archiprezbiteratu Sycowskiego między innymi również parafię Mąkoszyce.
W roku 1560 kościół przejeli protestanci.
W roku 1629 kościoł przywrócono katolikom, aby znowu odebrać go po czterech latach.
Ostatecznie kościół przywrócono Rzymsko Katolikom na mocy Westfalskiego Traktatu Pokojowego.
Budynek kościoła był w bardzo złym stanie, a parafia bardzo biedna. Trudno było utrzymać się proboszczom parafii. Nie było żadnych funduszy na utrzymanie kościoła w Mąkoszycach. Dlatego przez wiele lat parafia była administrowana przez proboszczów w Sycowie lub Turkowach.
Od roku 1780 stan kościoła był tak zły, że stał zupełnie opuszczony, a nabożeństwa odbywały się w Marcinkach.
Decyzją biskupa ordynariusza wrocławskiego, z dnia 6 lutego 1800 r. kościół był wystawiony na licytację i sprzedany na rozbiórkę za 34 talary reńskie i 5 groszy. Pieniądze ze sprzedaży kościoła przeznaczono na remont kościoła w Marcinkach, który w 1801 roku zbudowano prawie na nowo – odtąd parafia nazywała się Mąkoszyce-Marcinki. Funkcje kościoła parafialnego spełniał teraz kościół św. Trójcy w Marcinkach.
Dnia 15 listopada 1932 roku do parafii przybył i został nowym proboszczem ks. Tomasz Samulski, który postanowił wybudować w Mąkoszycach nowy kościół. Kościół budowano w dniach od 27 marca 1933 roku do 5 listopada 1933 roku.
Konsekracji kościoła dokonał ks. Kardynał August Hlond dnia 5 listopada 1933 roku.
Ks. Tomasz Samulski był proboszczem w Mąkoszycach do dnia 29 czerwca 1937 roku.
Jego następcą był ks. Feliks Szleszkowski, który żył na terenie parafii do dnia 12 maja 1976 roku z przerwą na czas wojny. Dnia 12 maja 1976 roku ks. Prałat Feliks Szleszkowski przebywający w Mąkoszycach na emeryturze zakończył życie. Jego ciało zostało pochowane na parafialnym cmentarzu. Ks. Prałat Szleszkowscki był proboszczem w Mąkoszycach do końca 1970 roku. Jego nastepcą został ks. Kanonik Mirosław Łaciński, który był proboszczem Mąkoszyc do dnia 30 czerwca 2009 roku. Od 1 lipca 2009 roku ks. Kanonik Mirosław Łaciński jest emerytem mieszkającym w domu księży emerytów diecezji kaliskiej w Ostrowie Wielkopolskim. Dnia 1 lipca 2009 roku nowym proboszczem został ks. Tomasz Szymkowiak